构成重大飞行事故罪应当这样处罚：航空人员违反规章制度，致使发生重大飞行事故，造成严重后果的，构成重大飞行事故罪，应处三年以下有期徒刑或者拘役。如果航空人员违反规章制度，造成飞机坠毁或者人员死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑法》第一百三十一条
航空人员违反规章制度，致使发生重大飞行事故，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成飞机坠毁或者人员死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑。
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