医保药物和基本药物目录在作用、制定依据、应用范围和执行效力等方面存在明显的区别。国家《基本药物目录》主要用于指导临床医师合理选择用药品种，通过引导药品生产企业的生产方向，保证基本药物的市场供应；而《基本医疗保险药品目录》的主要作用为了控制基本医疗保险支付药品费用的范围，是社会保险经办机构支付参保人员药品费用的依据。此外，二者在制定时主要考虑的因素也不同，国家《基本药品目录》主要考虑药品临床使用的合理性和安全性，以及全社会的基本用药水平，而《基本医疗保险药品目录》则重点要考虑药品的价格因素。另外，医保药物和基本药物目录的应用范围也存在差异，国家《基本药物目录》适应全社会所有人群，而《基本医疗保险药品目录》只适用于基本医疗保险保险的参保人员。最后，二者的执行效力也有所不同，国家《基本药物目录》对临床医生用药起指导作用，主要通过对社会宣传和医生培训，引导自觉使用目录；而基本医疗保险药品目录在社会保险经办机构支付费用时执行。
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